Chùa đã được trùng tu nhiều lần. Theo văn bia tu tạo dựng năm Dương Hoà đời thứ 5 thì ngôi chùa này được tôn tạo vào thời nhà Lý, thế kỷ thứ 11. Ngoài ra trong chùa còn nhiều viên gạch lớn thời nhà Mạc và một số bia có niên hiệu Sùng Khang (1566 - 1577).

Cũng theo tấm bia trên, có một lần trùng tu lớn vào năm 1635 đời vua Lê Thần Tông.

Chùa được xây dựng kiểu "nội công ngoại quốc". Tam quan chùa là một gác chuông đẹp, hai tầng tám mái với các đầu đao cong vút. Nhiều bộ phận gỗ được chạm khắc hình rồng, phượng và hoa lá.

Tầng trên treo quả chuông đúc năm Cảnh Thịnh thứ 9 (1801) thời nhà Tây Sơn.

Qua tam quan là một sân gạch rộng, hai bên có hai tòa giải vũ làm nơi nghỉ ngơi cho khách hành hương.

Tiền đường phía trước, nối liền với hai dãy hành lang hai bên và nhà tổ ở phía sau làm thành một khung vuông bao bọc lấy tòa thiêu hương và điện thờ Bà Đậu hay nữ thần Pháp Vũ.

Ở chùa Đậu có khá nhiều bia đá từ thế kỷ 16 đến thế kỷ 18.

Trong chùa có chiếc khánh đồng đúc năm 1774 với bài minh do Phan Trọng Phiên biên soạn. Ở đây còn hai tấm biển gỗ sơn son thiếp vàng khắc bài thơ nôm của chúa Trịnh Căn (1682 - 1709) và chúa Trịnh Cương (1709 - 1729).